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• [25-June-10] 【演題募集】国際会議Biocuration2010 (2010/10/11-14,東京国際交流館)
  ■日程：2010年10月11日（月）-14日（木）
  ■会場：東京国際交流館
  ■名称："The Conference of International Society for BioCuration,4th International BioCuration Conference (Biocuration2010)"
  ■演題登録：
  ↓口頭・ポスター演題を募集中です。
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  ↓こちらのページから参加登録をお願い致します。
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  URL: Biocuration2010
  URL: International Society for Biocuration (ISB)
  
  
• [24-MAY-10] 横断検索公開ニュース
  経済産業省・文部科学省関連の生命科学系データベースの横断検索が可能に
  －　省別にまとめられていた「統合データベースプロジェクト」の統合がより進む　－
  詳細はこちら：
  AISTプレスリリース
  MEDALS横断検索公開ニュース
  URL: 生命科学系データベース横断検索
  URL: MEDALS横断検索
  
  
• [16-FEB-10] ヒト全遺伝子アノテーションデータベース「H-InvDB 7.0」をリリース
  リリース7.0では主に下記のものが新しくなりました。
  - ヒト転写産物HIT　296,912件, ヒト遺伝子座HIX　46,499件
  - ヒトゲノム(NCBI b37.1, UCSC hg19)を基に全アノテーションデータを更新
  - 新規メイン画面"Protein view"公開
  - 糖タンパク質データベース(GlycoProtDB)との連携
  - 実験用リソース(NBRC HGPD)との連携
  - ゲノムブラウザ(G-integra):生物種追加(オランウータン)
  - サブデータベース：疾患(DiseaseInfo Viewer)、発現(H-ANGEL)、遺伝子ファミリー(Gene family/groups)更新
  
  
• [14-JAN-10] HEATシステムの更新
  機能を大幅に更新しました。GOやKEGG pathwayなど8種類のア ノテーションに加え、新たにJASPARデータベースに基づくプロモータ領域の共 通モチーフを発見できるようになりました。また、対応IDが増え、ダウンロー ド機能がつくなど、より使いやすくなりました。ぜひHEATをご利用ください。
  URL: http://hinv.jp/HEAT/
  
  
• [28-DEC-09] DDBJサイト終了のお知らせ
  DDBJのH-InvDBミラーサーバーは2009年12月末を以って終了致します。
  BIRCサイトをご利用下さい。
  (http://h-invitational.jp/hinv/ahg-db/index.jsp).
  
  

主要論文:

1. H-InvDB in 2009: extended database and data mining resources for human genes and transcripts. Yamasaki C, et al. (2010) Nucleic Acids Research Jan;38(Database issue):D626-32.
2. The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts. Yamasaki C, et al. (2008) Nucleic Acids Research 36, Database issue D793-D799.
3. Integrative Annotation of 21,037 Human Genes Validated by Full-Length cDNA Clones. T. Imanishi et al. (2004) PLoS Biology 2 (6), 856-875.

関連論文：

1. VarySysDB: a human genetic polymorphism database based on all H-InvDB transcripts. Shimada MK, et al. (2008) Nucleic Acids Research 37(Database issue):D810-5
2. Distribution and effects of nonsense polymorphisms in human genes. Yamaguchi-Kabata Y, et al. (2008) PLOS One2008;3(10):e3393
3. Low conservation and species-specific evolution of alternative splicing in humans and mice: comparative genomics analysis using well-annotated full-length cDNAs Takeda J, et al. (2008) Nucleic Acids Research2008 Nov;36(20):6386-95.
4. Diversity of preferred nucleotide sequences around the translation initiation codon in eukaryote genomes. Nakagawa S, et al. (2008) Nucleic Acids Research
5. Evola: Ortholog database of all human genes in H-InvDB with manual curation of phylogenetic trees. Matsuya A, et al. (2008) Nucleic Acids Research 36, Database issue D787-D792.
6. Mapping of chimpanzee full-length cDNAs onto the human genome unveils large potential divergence of the transcriptome. Sakate R, et al. (2007) Gene 399(1): 1-10.
7. Frequent emergence and functional resurrection of processed pseudogenes in the human and mouse genomes. Sakai H, et al. (2007) Gene 389(2) 196-203.
8. H-DBAS: Alternative splicing database of completely sequenced and manually annotated full-length cDNAs based on H-Invitational. Takeda, J. et al. (2007) Nucleic Acids Research 35, Database issue D104-D109.
9. Large-scale identification and characterization of alternative splicing variants of human gene transcripts using 56 419 completely sequenced and manually annotated full-length cDNAs. Takeda, J. et al. (2006) Nucleic Acids Research 34 (14), 3917-3928.
10. Alternative splicing in human transcriptome: Functional and structural influence on proteins. Yura, K. et al. (2006) Gene 380 (2), 63-71.
11. TACT: Transcriptome Auto-annotation Conducting Tool of H-InvDB, Yamasaki C. et al. (2006) Nucleic Acids Research 34 Web Server issue W345-W349.
12. Investigation of protein functions through data-mining on integrated human transcriptome database, H-Invitational Database (H-InvDB). Yamasaki C. et al. (2005) Gene 364, 99-107.
13. A web tool for comparative genomics: G-compass. Fujii Y. et al.(2005) Gene 364, 45-52.
14. Comparative genomics of bidirectional gene pairs and its implications for the evolution of a transcriptional regulation system. Koyanagi K.O. et al. (2005) Gene 353 (2), 169-176.
15. Large-scale analysis of human alternative protein isoforms: pattern classification and correlation with subcellular localization signals M. Nakao et al. (2005) Nucleic Acids Research 33 (8), 2355-2363.
16. The Human Anatomic Gene Expression Library (H-ANGEL), the H-Inv integrative display of human gene expression across disparate technologies and platforms. M. Tanino et al. (2005) Nucleic Acids Research 33 Database issue, D567-D572.