統合データベース解析グループ/チーム

統合データベース解析チームは、多様な生物情報を含む新たなデータベース構築をめざし、JBIRCの生命情報学的基盤整備を行います。また、JBIRCで生み出される遺伝子発現パターンやタンパク質の構造と機能の情報に対する標準化アノテーションと、比較ゲノム・分子進化学の研究を進めます。

ヒト全遺伝子アノテーションデータベース更新
(H-InvDB release 5.0)
[07.12.26]

H-InvDBはヒトの遺伝子と転写産物を対象とした統合データベースです。ヒトのすべての転写産物の配列を対象に精査し、信頼性の高いアノテーション（注釈付け）情報を提供しています。このデータベースは、H-Invitationalプロジェクトで確立したヒト完全長cDNA配列のアノテーション技術を基礎として、「ゲノム情報統合プロジェクト」（2005-）によって発展してきました。
2007年12月26日に、ヒト全遺伝子アノテーションデータベースH-Invitational Database (H-InvDB) 5.0 の公開を行いました。リリース5.0での主な変更点は下記の7点です。

1.NCBI build 36.2のヒトゲノム配列に基づき全データを更新
2.187,156件のヒト転写物に基づいて36,073個のヒト遺伝子のクラスターを定義、124,280件のヒトタンパク質に対するアノテーション情報を公開
3.新規IDとしてヒト遺伝子ファミリー・グループに対するH-Invitational gene family/group IDを公開
4.2種類の予測遺伝子アノテーションを公開
5.アノテーション情報拡張
6.Webサービス 公開(REST protocol)
7.G-integraとEvolaの生物種を増やし、合計14生物種のデータを公開

H-InvDBのアドレスは、http://www.h-invitational.jp/です。ぜひご活用ください。

イネの遺伝子数は約32,000個 [07.01.09]

2007年1月9日、農業生物資源研究所を中心とするグループが、イネの遺伝子数は約32,000と推定、そのうち約9割の遺伝子の位置を決定した、と発表しました。

イネはアジアを中心とする地域で主要な穀物として食されており、世界で最も重要な作物の1つです。農業生物資源研究所は、産業技術総合研究所および国立遺伝学研究所との3機関を中心とした国際共同プロジェクトRice Annotation Project(RAP)を組織し、その成果として、イネの29,550の遺伝子の位置を決定しました。この情報を元に、イネの全遺伝子数は32,000と見積もられています。本研究の結果はデータベース化され、ウェブを通して公開されています。
イネアノテーションデータベース(RAP-DB): http://rapdb.lab.nig.ac.jp/

RAPでは、国際会議「イネアノテーション会議」を開催し、国内外の研究機関から集まった約90名の研究者がイネゲノムに対して注釈付け(アノテーション)を行ないました。統合データベース解析チームは、イネゲノムに注釈付けを行なう際に使われたアノテーションシステムの技術提供を行い、イネ遺伝子の位置確定ならびに機能決定に大きく貢献することができました。

なお、この成果は米科学誌Genome Research誌のオンライン版で公開されています。
Curated genome annotation of Oryza sativa ssp. japonica and comparative genome analysis with Arabidopsis thaliana. Genome Res., published online before print January 8, 2007
http://www.genome.org/cgi/doi/10.1101/gr.5509507

農業生物資源研究所プレスリリース
http://www.nias.affrc.go.jp/pressrelease/20070109/
産総研プレスリリース
http://www.aist.go.jp/aist_j/
press_release/pr2007/pr20070109/pr20070109.html
遺伝研プレスリリース
http://www.nig.ac.jp/hot/ine0109/index.html

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