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last updated :12-Apr-2012

データベース

分子システム情報統合チーム

分子システム情報統合チームは、ヒト遺伝子と転写産物の統合データベースH-Invitational Database (H-InvDB)の構築を行うとともに、ヒトの分子システム情報の統合化と計算機解析により、疾患や進化などの高次生命現象の解明をめざした独創的な研究を行います。また、経済産業省のライフサイエンスデータベースプロジェクトを実施し、ポータルサイトMEDALSの運営を通じて生命科学データベースの統合化と利用促進を図ります。

【主な研究テーマ】

ヒト遺伝子と転写産物の統合データベース構築（H-InvDB）
ヒト遺伝子統合データベースを活用した知識発見ツール開発（セルイノベーション）
生命科学データベースの統合化（経済産業省プロジェクト）
ＨＬＡのゲノム多様性と疾患に関するデータベース構築（新学術領域研究）
赤潮発生予測のためのメタゲノム解析（水産庁プロジェクト）
ヒト遺伝子多型の疾患リスク情報データベース開発
疾患関連遺伝子探索をめざしたデータマイニング研究
データ識別子を活用した全生命科学データベースの統合化
ヒトの選択的スプライシングの構造と機能
ヒトのタンパク質に関する情報統合とアノテーション研究
比較ゲノム解析を通したヒトと類人猿の種分化過程の解明
組織特異的遺伝子の起源と進化
ヒト特異的遺伝子探索
クラウド計算機を活用したデータベース統合化
その他

【リンク】

人材募集

分子システム情報統合チームでは、ゲノム情報解析分野の研究意欲にあふれた人材を募集しています。計算機を用いた生命情報の解析にチャレンジしてみたい方、バイオインフォマティクスを学んで使いこなしたい方、実験生物学をやってきたけど実は計算機の方が好きな方など、やる気さえあればどなたでも歓迎します。
もしあなたが大学生や大学院生であれば、卒業研究や学位論文の受託指導を行うことができます。ポスドクであれば各種の助成金を使っての受入が可能です。一度ぜひご相談ください。見学も随時可能です。
連絡は、チーム長の今西までメールをお送りください。
　　今西　規: t.imanishi [at] aist.go.jp

＜プレスリリース＞　文部科学省・経済産業省関連の生命科学系データベースの相互検索が可能に

経済産業省統合データベースプロジェクトでは検索サービス「MEDALS横断検索」を本格公開しました。詳細はこちらをご覧ください。

Biocuration 2010の開催

国際バイオキュレーション学会の会議であるBiocuration2010が、2010年10月11日から14日まで東京のお台場で開催されます。詳細はこちらのウェブサイトhttp://hinv.jp/biocuration2010/をご覧ください。

ヒト全遺伝子アノテーションデータベース更新(H-InvDB release 7.0)[10.02.16]

2010年2月16日にH-InvDB 7.0の公開を行いました。今回の更新では主に下記のものが新しくなりました。

更新内容: - ヒトゲノム(NCBI b37.1, UCSC hg19)を基に全アノテーションデータを更新; - ヒト転写産物HIT　296,912件, ヒト遺伝子座HIX　46,499件; - 新規メイン画面"Protein view"公開; - 糖タンパク質データベース(GlycoProtDB)との連携; - 実験用リソース(NBRC HGPD)との連携; - ゲノムブラウザ(G-integra):生物種追加(オランウータン); - サブデータベース更新：疾患(DiseaseInfo Viewer)、発現(H-ANGEL)、遺伝子ファミリー(Gene family/groups)

H-InvDBのアドレスは、http://www.h-invitational.jp/です。ぜひご活用ください。

HEATシステムの更新[10.01.14]

H-InvDB遺伝子リスト特徴抽出ツール（HEAT）の機能を大幅に更新しました。GOやKEGG pathwayなど8種類のアノテーションに加え、新たにJASPARデータベースに基づくプロモータ領域の共通モチーフを発見できるようになりました。また、対応IDが増え、ダウンロード機能がつくなど、より使いやすくなりました。ぜひHEATをご利用ください。

住所表記変更のお知らせ(2009年11月1日より)

2009年11月1日より江東区お台場地区の住所表記に、新しく街区符号及び住居番号が付けられることになりました。このため当センターの住所表記は下記のとおり変更となります。

-新住所-: 〒135-0064 東京都江東区青海2-4-7
臨海副都心センター　別館　バイオ・IT融合研究棟 7F
独立行政法人　産業技術総合研究所(AIST)
バイオメディシナル情報研究センター(BIRC)
分子システム情報統合チーム(IDB)
(現行住所　〒135-0064 東京都江東区青海2-42)

※ 表記変更のため、実際の場所や電話番号に変更はありません ※

研究顧問・五條堀孝先生　紫綬褒章受章[09.11.03]

産総研・バイオメディシナル情報研究センター研究顧問（兼　国立遺伝学研究所・遺伝情報分析研究室教授）の五條堀孝先生が、紫綬褒章を受章しました。
詳細はこちら（リンク先 http://www.nig.ac.jp/hot/2009/1103gojobori.html )

経済産業省ライフサイエンス関連プロジェクトのポータルサイトMEDALSの公開[09.02.06]

－国家プロジェクト等の研究データを一括して有効活用できる環境に－

バイオメディシナル情報研究センター分子システム情報統合チーム、社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム（JBiC）は、経済産業省関連機関が実施したライフサイエンス分野の研究開発プロジェクト（全155プロジェクト）の成果であるデータベースに関して、情報提供ポータルサイト（METI database portal for life science：略称MEDALS[メダルズ]）を構築し、2008年10月より一部の情報を先行公開していましたが、このたび、本プロジェクトに関連する産総研内の全ての公開データベースを網羅した便覧が完成し、さらに英語版のポータルサイトを構築しました。これを2009年2月6日より本格的に公開します。
産総研公式サイト・主な研究成果→http://www.aist.go.jp/aist_j/new_research/nr20090206/nr20090206.html

■ ポイント ■
◇経済産業省統合データベースプロジェクトの一環として産業技術総合研究所の
　　ライフサイエンス分野の成果物も網羅した公開
◇提供される情報
　・経済産業省の支援により構築されたデータベースやツール（1989年以降）などの情報
　・経済産業省の支援により実施された研究開発プロジェクトの情報

■ 新規公開内容 ■
◇便覧データは産総研内の主要公開データベースを完全に網羅
◇英語版のポータルサイト

MEDALSへは、http://medals.jp からアクセスできます。
また、現在も各々開発が進行中のデータベースを統合化するために、ウェブサービスを使ったバーチャルなデータベース統合のしくみを整備しています。統合の基盤となるH-InvDB、糖鎖遺伝子のデータベース（GlycoGene DataBase (GGDB)）および機能性RNAのデータベース（機能性RNAデータベース (fRNAdb)）の間を連携するウェブサービスを新規に開発し、全て2009年2月中の公開を予定しています。

■ 問い合わせ先 ■
バイオ産業情報化コンソーシアム(JBiC)/
産業技術総合研究所バイオメディシナル情報研究センター
分子システム情報統合チーム
　統合データベースプロジェクト MEDALS広報担当
　E-mail: medals@m.aist.go.jp