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4.13 遺伝子ファミリー/グループ

「H-InvDB遺伝子ファミリー・グループ」はヒトの遺伝子ファミリー・グループに属する遺伝子を対象にしたアノテーションデータベースです。手動アノテーションで精査された4つの既知遺伝子ファミリー・グループ、および自動アノテーションで定義された予測遺伝子ファミリー・グループについてH-Invitational gene family/group(HIF)と定義し、アノテーション情報を提供しています。

既知遺伝子ファミリー・グループ(手動アノテーションデータセット)

4つの遺伝子文献に基づくゲノム位置や既知タンパク質との配列相同性、遺伝子名の記述を基に手動アノテーション(精査)を行い、アノテーション情報を提供しています。

予測遺伝子ファミリー・グループ(自動アノテーションデータセット)

icon_HIF配列相同性および機能性モチーフ(InterPro domain)情報に基づいて予測した遺伝子グループについて、アノテーション情報を提供しています。
H-InvDBの全遺伝子座の代表配列について、反復配列をマスクしたアミノ酸配列を用いてクラスタリングした結果をモデル生物のオルソログ予測の結果と併せ、遺伝子ファミリー・グループの予測を行いました。予測された遺伝子遺伝子ファミリー・グループに対し機能性モチーフ(InterPro domain)を基に名称を付け、H-Invitational gene family/group(HIF) IDを付与しました。


Fig. 4.13.1遺伝子ファミリー/グループ画面


遺伝子ファミリー/グループページへのアクセス
http://www.h-invitational.jp/hinv/genefamily/index_ja.cgi

1) H-InvDB トップページからのアクセス
H-InvDB トップページからは2通りのアクセス方法があります。
「遺伝子ファミリー・グループ」またはH-InvDBとは?の文章中にある「遺伝子ファミリー」をクリックすると、H-InvDB 遺伝子ファミリー/グループのトップページに移動します。


Fig. 4.13.2 H-InvDBトップページからのアクセス


2) Locus view/Transcript viewからのアクセス
各Locus view、Transcript view画面上部フレームにある「 icon_GFAGene Family/Group」をクリックするとH-InvDB 遺伝子ファミリー/グループのトップページに移動します。

また、Locus viewやTranscript view画面中にある「icon_GFA」をクリックすると対応する遺伝子ファミリー・グループのページに直接移動します。


Fig. 4.13.3 Locus viewからのアクセス


4.13.1 免疫グロブリン(Ig) :HIF0000001

免疫グロブリン(Ig: Immunoglobulin)は免疫反応に必要不可欠なタンパク質であり、重鎖(heavy chain)と軽鎖(light chain:κ,λ)から成るY字型の4本鎖構造をしています。H-InvDBの Ig データセットではIgの重鎖と軽鎖の遺伝子情報を提供しています。このデータセットは、文献に基づくゲノム位置や配列相同性、遺伝子名の記述などを参考にして、手動による精査を行い作成しました。

4.13.2 Igページへのアクセス

http://www.h-invitational.jp/hinv/genefamily/geneFamilyIG_ja.cgi
Igページを表示させるには、H-InvDB 遺伝子ファミリー/グループのトップページにある「Igアイコンicon_Ig 」、または「免疫グロブリン(Ig)」をクリックして下さい。

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Fig. 4.13.1.1 H-InvDB 遺伝子ファミリー/グループのトップページ


4.13.3 Igページの画面構成

Igページでは「H-InvDB 遺伝子ファミリー/グループにおけるIgデータセットの定義」と「Igデータセットに含まれるH-Inv遺伝子座情報」を表示しています。

Igデータセットに含まれるH-Inv遺伝子座情報として5つの情報を表示しています。

  1. HIX ID
     Igデータセットに含まれるH-Inv遺伝子座のHIX IDを表示しています。
     HIX IDはLocus viewにリンクしています。

  2. Chr. Location
     H-Inv遺伝子座の染色体位置情報を表示しています。
     染色体番号はG-integraにリンクしています。

  3. HGNC gene symbol
     HUGO推奨遺伝子名(HGNC)を表示しています。
     遺伝子名はHUGO Gene Nomenclature Committeeにリンクしています。

  4. Definition
     H-Inv遺伝子座のH-Invプロジェクトによる遺伝子機能定義を表示しています。

  5. IMGT/GENE-DB
     H-Inv遺伝子座と対応のあるIMGT gene nameを表示しています。
     IMGT gene name はIMGT/GENE-DBにリンクしています。
     IMGT/GENE-DBはIMGT® (the international ImMunoGeneTics information system®) が提供する免疫関連遺伝子(Ig、TCR)に関するゲノムデータベースです。
HUGO Gene Nomenclature Committee
URL http://www.genenames.org/index.html
IMGT
URL http://imgt.cines.fr/


Fig. 4.13.1.2 H-InvDB 遺伝子ファミリー/グループのIgページ


4.13.4 ダウンロード

H-InvDB 遺伝子ファミリー/グループにて定義したIgのデータセットはダウンロードすることができます。Igページ中にある[ダウンロード]をクリックして下さい。

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Fig. 4.13.1.3 ダウンロード


4.13.2 主要組織適合遺伝子複合体(MHC) :HIF0000002

GFAのMHCページ (http://www.h-invitational.jp/hinv/genefamily/geneFamilyMHC_ja.cgi) は、H-InvDBで格納しているmRNA配列から下記の自動判定によって得られたHITを詳細にアノテーションした情報を提供しています。

4.13.2.1 MHC遺伝子候補として抽出するための自動判定方法

4.13.2.2 MHCページへのアクセス

MHCページを表示させるには、H-InvDB 遺伝子ファミリー/グループのトップページにある「MHCアイコンicon_MHC」、または「主要組織適合遺伝子複合体(MHC)」をクリックして下さい。

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Fig. 4.13.2.1 The top page of H-InvDB Gene Families/Groups


4.13.2.3遺伝子ファミリー/MHCページの主要な表示項目


Fig. 4.13.2.1 H-InvDB 遺伝子ファミリー/グループのトップページ


  1. H-InvDBのLocus viewへのリンク
  2. G-integraへのリンク
  3. HGNC(HUGO Gene Nomenclature Committee)へのリンク
  4. ハプロタイプ染色体ごとの表示

4.13.3 T細胞受容体(TCR) :HIF0000003

T細胞受容体(TCR: T-cell receptor)はT細胞の表面に存在する抗原特異的な受容体です。TCRは、αおよびβ鎖、あるいは、γおよびδ鎖で構成されるヘテロ二量体で、MHCによって提示された抗原を特異的に認識し、免疫系において中心的な役割を担っています。 H-InvDBのTCRデータセットは、文献情報や既知のタンパク質との配列相同性などを参考に独自の基準で収集し、精査を加えたデータセットです。

4.13.3.1 TCRページへのアクセス

http://www.h-invitational.jp/hinv/genefamily/geneFamilyTCR_ja.cgi
TCRページを表示させるには、H-InvDB 遺伝子ファミリー/グループのトップページにある「TCRアイコンicon_TCR」、または「T細胞受容体(TCR)」をクリックして下さい。

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Fig. 4.13.3.1 H-InvDB 遺伝子ファミリー/グループのトップページ


4.13.3.2 TCRページの画面構成

TCRページでは「H-InvDB 遺伝子ファミリー/グループにおけるTCRデータセットの定義」と「TCRデータセットに含まれるH-Inv遺伝子座情報」を表示しています。
TCRデータセットに含まれるH-Inv遺伝子座情報として5つの情報を表示しています。

  1. HIX ID
     TCRデータセットに含まれるH-Inv遺伝子座のHIX IDを表示しています。
     HIX IDはLocus viewにリンクしています。

  2. Chr. Location
     H-Inv遺伝子座の染色体位置情報を表示しています。
     染色体番号はG-integraにリンクしています。

  3. HGNC gene symbol
     HUGO推奨遺伝子名(HGNC)を表示しています。
     遺伝子名はHUGO Gene Nomenclature Committeeにリンクしています。

  4. Definition
     H-Inv遺伝子座のH-Invプロジェクトによる遺伝子機能定義を表示しています。

  5. IMGT/GENE-DB
     H-Inv遺伝子座と対応のあるIMGT gene nameを表示しています。
     IMGT gene name はIMGT/GENE-DBにリンクしています。
     IMGT/GENE-DBはIMGT® (the international ImMunoGeneTics information system®) が提供する免疫関連遺伝子(Ig、TCR)に関するゲノムデータベースです。
HUGO Gene Nomenclature Committee
URL http://www.genenames.org/index.html
IMGT
URL http://imgt.cines.fr/


Fig. 4.13.3.2 H-InvDB 遺伝子ファミリー/グループのTCRページ


4.13.4 ダウンロード

H-InvDB 遺伝子ファミリー/グループにて定義したTCRのデータセットはダウンロードすることができます。TCRページ中にある[ダウンロード]をクリックして下さい。

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Fig. 4.13.3.3 ダウンロード


4.13.4 嗅覚受容体遺伝子(OR: olfactory receptor) :HIF0000004

4.13.4.1 ORページへのアクセス

Gene family/group page (http://www.h-invitational.jp/hinv/genefamily/index_ja.cgi)のページからお入り下さい(Fig 4.13.4.1)。リンクはトップのicon_ORボタンもしくは、「嗅覚受容体(OR)」の文字の箇所になります。


Fig 4.13.4.1 Gene family/groupのページ


4.13.4.2 ORページの表示項目


Fig 4.13.4.2 嗅覚受容体遺伝子のページとリスト


4.13.4.3 ORページのデータダウンロード

画面に表示されているテーブルは[ダウンロード:H-InvDB ORs]から取得頂けます(Fig 4.13.4.3)。


Fig 4.13.4.3 データのダウンロード


4.13.4.4 ORデータセットのアノテーション内容

H-InvDBの嗅覚受容体データセットは、Niimura and Nei (2003) の改良された予測方法、他のデータベース等に登録されている嗅覚受容体(Invitrogen、cdna.org、origene、GPCR-DB、SEVENS)と、遺伝子名の記述を参考に定義しています。

嗅覚受容体候補選出に使用したNiimura and Nei (2003) の改良された予測方法による嗅覚受容体候補の塩基配列とアミノ酸配列は[ダウンロード:ORs of Niimura & Nei(2003) (塩基配列FASTAファイル, アミノ酸配列FASTAファイル)]からダウンロード頂けます(Fig 4.13.4.3)。なおこれはゲノムを基にした予測配列ですので、H-InvDBの嗅覚受容体データセットに対応する転写産物が無いもの、転写産物の配列と配列・長さが異なるものが含まれます。また、他のデータベース等に登録されている嗅覚受容体や遺伝子名の記述を基にした候補は含まれておりません。

更新日:2008年2月29日