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4.1 Transcript view -転写産物アノテーションデータ表示画面

Transcript view(旧:cDNA viewまたはmRNA view)では、各HIT(H-Invitational transcript) に対するアノテーションデータをタブ/セクションに分類し数値データと画像イメージで提供しています。


Fig. 4.1.1 Transcript view - 転写産物アノテーションデータ表示画面

Transcript viewではプルダウンメニュー下記から形式を選択すると、テキスト形式でデータを表示及びダウンロードすることができます。

Transcript viewは下記タブ・セクションにアノテーションデータを提供しています。

No. タブ名称 セクション名称
1Gene structureGene structure information
2FunctionGene function information
3GOGene ontology information
4CDSPredicted CDS information
5Motif Motif information
6Subcellular loc.Subcellular localization information
7Protein structureProtein structure information (GTOP)
8ExpressionGene expression information
9DiseaseDisease/pathology information
10EvolutionEvolutionary information
11PolymorphismPolymorphism (SNP, indel), microsatellite (Short Tandem Repeat, STR) and repeat information
12Transcript info.Transcript information
Sequence quality information

1)遺伝子構造(Gene structure)では染色体番号、染色体上の位置、ゲノムのストランド、染色体バンドなど、HITのヒトゲノム上でのマッピングに関するアノテーションデータを提供しています。

2)遺伝子機能 (Function)ではH-Invプロジェクトによる遺伝子機能定義および分類、遺伝子名、HUGO 推奨遺伝子名(Genew)、酵素番号および酵素名(EC)、代謝経路情報(KEGG)、タンパク質相互作用、遺伝子ファミリーなどのHITの遺伝子機能に関するアノテーションデータを提供しています。

3)ジーンオントロジー情報 (GO: Gene ontology)ではMolecular function, Biological process, Cellular componentのジーンオントロジー(GO)IDおよび名称データを提供しています。またGO databaseへもリンクしています。

4)アミノ酸翻訳領域予測(Predicted CDS)ではアミノ酸翻訳領域(CDS)、遺伝子構造、翻訳方向、コドン使用頻度の指標 (CAI)、アミノ酸配列、アミノ酸翻訳領域の位置、翻訳領域中に予測された機能性モチーフ位置と対応するジーンオントロジーなどのHITのアミノ酸翻訳領域に関するアノテーションデータを提供しています。

5)機能性モチーフ(Motif)では、各HITの翻訳アミノ酸配列上に予測された機能性モチーフIDおよび名称(InterPro)を提供しています。またInterPro databaseへリンクしています。

6)細胞内局在予測 (Subcellular localization)ではWoLF PSORT、Target P、SOSUI、TMHMM、PTS1の5種のプログラムによる細胞内局在予測結果の概要を表示しています。

7)立体構造予測 (Protein structure (GTOP)) ではGTOPによる立体構造予測結果の概要(reverse PSI-BLAST法によるPDBおよびSCOP ID)を表示しています。

8)遺伝子座発現プロファイル (Gene expression information)では10の発現組織カテゴリーに分類されたiAFLP発現データ解析結果に基づき、HIXの遺伝子発現の組織特異性に関するアノテーションデータを提供しています。

9)疾患関連情報セクション(Disease/pathology information)では既知の遺伝性疾患関連遺伝子とHIXと同じゲノム領域にマップされた候補遺伝子が判明していない遺伝性疾患(co-localized orphan pathology)の2種類の疾患関連情報に対する疾患名およびOMIM IDを提供しています。

10)分子進化解析 (Evolutionary information)では共通祖先をもつ異種間相同遺伝子(オルソログ)予測、系統樹、自然淘汰(dN/dS)などの分子進化学的解析に基づくアノテーションデータを提供しています。

11)多型(SNP)・マイクロサテライト・リピート(SNP/STR/repeat)は一塩基多型(SNPs)、マイクロサテライト、反復配列などのアノテーションデータを提供しています。

12)転写産物アノテーション(Transcript information) では転写産物に関する精査情報と配列クオリティー情報の2つのサブセクションで構成されています。精査情報として塩基長、ポリA配列、ベクター配列などの配列に関するデータを提供しています。配列クオリティー情報としてNMD判定、配列のオリエンテーション、フレームシフトエラーや残留イントロン配列などの判定データを提供しています。

更新日:2007年9月5日