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4.3 Protein view -タンパク質アノテーションデータ表示画面

Protin viewでは、各HIP(H-Invitational protein) に対するアノテーションデータをタブ/セクションに分類し数値データと画像イメージで提供しています。


Fig. 4.3.1 Protein view - タンパク質アノテーションデータ表示画面

Protein viewではプルダウンメニュー下記から形式を選択すると、テキスト形式でデータを表示及びダウンロードすることができます。

Protein viewは下記タブ・セクションにアノテーションデータを提供しています。

No. タブ名称 セクション名称
1Protein info.Protein information
Original transcript information
2MemberCoresponding transcript membesr
3Motif Motif information
4FunctionGene function information
5PTMPost translational modification
6Subcellular loc.Subcellular localization information
7Protein structureProtein structure information (GTOP)
8EvolutionEvolutionary information
9PolymorphismPolymorphism (SNP) and microsatellite (Short Tandem Repeat, STR) information

1)タンパク質アノテーション(Protein information) ではタンパク質に関するアノテーション情報と対応する転写産物情報の2つのサブセクションで構成されています。タンパク質に関するアノテーション情報としてコドン使用頻度の指標 (CAI)、アミノ酸配列、アミノ酸翻訳領域の位置等の情報を提供しています。対応する転写産物情報として塩基長、クローンIDなどの配列に関するデータを提供しています。

2)メンバー (Member) ではGTOPによる立体構造予測結果の概要(reverse PSI-BLAST法によるPDBおよびSCOP ID)を表示しています。

3)機能性モチーフ(Motif)では、各HITの翻訳アミノ酸配列上に予測された機能性モチーフIDおよび名称(InterPro)を提供しています。またInterPro databaseへリンクしています。

4)機能 (Function)ではH-Invプロジェクトによる遺伝子機能定義および分類、遺伝子名、HUGO 推奨遺伝子名(Genew)、酵素番号および酵素名(EC)、代謝経路情報(KEGG)、タンパク質相互作用、遺伝子ファミリーなどのHIPの機能に関するアノテーションデータを提供しています。

5)翻訳後修飾(PTM)では、翻訳後修飾のうち糖鎖修飾情報を提供しています。ヒトタンパク質に対応する線虫糖たんぱく質IDおよび名称(糖たんぱく質データベース、GlycoProtDB)を提供し、GlycoProtDBへリンクしています。

6)細胞内局在予測 (Subcellular localization)ではWoLF PSORT、Target P、SOSUI、TMHMM、PTS1の5種のプログラムによる細胞内局在予測結果の概要を表示しています。

7)立体構造予測 (Protein structure (GTOP)) ではGTOPによる立体構造予測結果の概要(reverse PSI-BLAST法によるPDBおよびSCOP ID)を表示しています。

8)分子進化解析 (Evolutionary information)では共通祖先をもつ異種間相同遺伝子(オルソログ)予測、系統樹、自然淘汰(dN/dS)などの分子進化学的解析に基づくアノテーションデータを提供しています。

9)多型(SNP)・マイクロサテライト(SNP/STR)は一塩基多型(SNPs)、マイクロサテライトなどのアノテーションデータを提供しています。

更新日:2010年02月16日