[ English ]

4.11 PPI view -タンパク質間相互作用情報

PPI viewは、ヒトのタンパク質間相互作用 (PPI:Protein-Protein Interaction) 情報の表示を行います。H-Invitationalプロジェクトで構築されたヒトの転写物データから予測されるタンパク質について、タンパク質間相互作用情報の割り当てを行いました。

4.11.1 PPI viewへのアクセス

1) H-InvDBからのアクセス
Transcript viewのFunction項目にある"Protein-protein interaction (PPI)"からアクセスできます。

2) PPI viewへ直接アクセス
PPI viewのトップ検索画面には以下のURLからアクセスできます。
http://h-invitational.jp/hinv/ppi/

4.11.2 PPI viewのデータ

HIP: H-Invitational Protein
H-InvDBの転写物データから独自予測されたタンパク質。 タンパク質のアミノ酸配列それぞれにHIP IDを付与しています。
※ タンパク質のアミノ酸配列が一残基でも異なる場合は異なるHIP IDを持っています。

PPI viewにおける同一タンパク質の定義
H-InvDBの全タンパク質について同一相同性によるクラスタリングを行って、 95%以上の領域において、98%以上の相同性を持つタンパク質同士を同一のタンパク質として定義しています。

タンパク質間相互作用データ
主要なタンパク質間相互作用データベースとして、以下の6つのデータベースを選択しデータの収集・統合を行いました。

 
BIND1 http://www.bind.ca/Action
DIP2 http://dip.doe-mbi.ucla.edu
MINT3 http://mint.bio.uniroma2.it/mint/Welcome.do
HPRD4 http://www.hprd.org
IntAct5 http://www.ebi.ac.uk/intact/index.jsp
GNP_Y2H http://genomenetwork.nig.ac.jp/public/sys/gnppub/Top.do

収集したタンパク質間相互作用データから非冗長なタンパク質間相互作用データセットを作成するため、 タンパク質のAccession No. (UniProt, RefSeq, GI, GenBank ID)からアミノ酸配列を取得し、 すべての配列について生物種ごとに同一相同性クラスタリング (95%以上の領域において、98%以上の相同性を持つタンパク質同士のグループ化)を行って、冗長性を取り除きました。 非冗長な統合タンパク質間相互作用データセットのうち、 ヒトのタンパク質間相互作用情報をH-InvDBのタンパク質セットに割り当てた結果、 9,268件のタンパク質からなる32,198件のヒトのタンパク質間相互作用情報が得られました。

ダウンロードファイル
次期リリースにて提供予定です。

4.11.3 PPI viewの画面構成

トップ検索画面
検索窓にタンパク質間相互作用情報を調べたい対象タンパク質のキーワード、Gene symbol、H-InvDBのID (HIX: gene cluster ID, HIT: transcript ID, HIP: protein ID)、タンパク質のAccession No. (UniProt, RefSeq, GI, CCDS, PDB)のいずれかを入力して、サーチボタンをクリックして下さい。


Fig 4.11.1 トップ検索画面

検索結果画面
問い合わせに対してヒットしたタンパク質の一覧が表示されます。タンパク質間相互作用情報を閲覧したいタンパク質の Human PPIs botton をクリックして下さい。


Fig 4.11.2 検索結果画面

タンパク質間相互作用情報画面
ヒトのタンパク質間相互作用情報が表示されます。問い合わせタンパク質 (赤色のタイトル) が上部に、問い合わせタンパク質と相互作用するタンパク質 (青色のタイトル) の一覧が下部に表示されます。


Fig 4.11.3 タンパク質間相互作用情報画面

相互作用するタンパク質の情報として表示される項目については以下の通りです。

  1. Title
    Protein ID: ヒトタンパク質の代表HIP ID
    Symbol: タンパク質のシンボル
    Human PPIs botton をクリックすると、このタンパク質のHuman PPI (ヒトのタンパク質間相互作用情報)が表示されます。( )内にはHuman PPIの数が表示されています。

  2. Definitions
    ヒトタンパク質の機能アノテーション情報が表示されます。

  3. H-InvDB IDs
    H-InvDBでは、遺伝子クラスター、遺伝子クラスターからのトランスクリプト(転写物)、トランスクリプトから翻訳されるタンパク質と一貫したデータを提供しています。
    Gene cluster ID : HIX ID (H-InvDBの遺伝子クラスターID)
      HIXをクリックするとLocus viewへリンクし、染色体上の遺伝子の位置を確認することができます。
    Transcript ID : HIT ID (H-InvDBのトランスクリプトID)
      HITをクリックするとTranscript viewへリンクし、 詳細なトランスクリプト情報を確認することができます。
    Protein ID : HIP ID (H-InvDBのタンパク質ID)
      代表のHIP ID と同一タンパク質のHIP IDが表示されます。
      HIPについては上述の"HIP: H-Invitational Protein"の項をご参照ください。
    同じ行に表示されているHIX、 HIT、 HIPはそれぞれ対応する遺伝子クラスター、トランスクリプト、タンパク質です。

  4. Protein Accession Numbers
    UniProt, RefSeq, CDDS, PDBデータベースのタンパク質アクセッションナンバーです。"Protein Accession Numbers"は同じ行のHIPとアミノ酸配列が完全一致(PDBのみ98% Similarity, 95% Coverage)する場合にのみ表示されます。クリックするとそれぞれ各データベースへリンクします。

  5. Human PPI cross reference information
    タンパク質間相互作用の参照情報です。
    Database cross reference information : データ元となったタンパク質間相互作用データベース(BIND, DIP, MINT, HPRD, IntAct, GNP_Y2H)へのリンク
    PubMed IDs (Number of reporting PPIs) : タンパク質間相互作用が報告された論文のPubMed ID
      ()内には論文で報告されているタンパク質間相互作用数が表示されます。論文で報告されているタンパク質間相互作用の数は相互作用解析が大規模解析によるものか小規模解析によるものかを判断する指標となりますので参考にしてください。
      ※ただし、このタンパク質間相互作用数は論文中に記載されている実際の数と異なる場合があります。
    Experimental methods : 実験方法の分類

Fig 4.11.4 対象タンパク質と相互作用するタンパク質の情報

参考文献

  1. Alfarano C, et al. The Biomolecular Interaction Network Database and related tools 2005 update. Nucleic Acids Res. 2005 Jan 1;33
  2. Salwinski L, Miller CS, Smith AJ, Pettit FK, Bowie JU, Eisenberg D. The Database of Interacting Proteins: 2004 update. Nucleic Acids Res. 2004 Jan 1;32
  3. Zanzoni A., Montecchi-Palazzi L., Quondam M., Ausiello G., Helmer-Citterich M. and Cesareni G. MINT: a Molecular INTeraction database. FEBS Letters. 2002, 513(1);135-140.
  4. Peri, S. et al. Development of human protein reference database as an initial platform for approaching systems biology in humans. Genome Research. 2003, 13:2363-2371.
  5. IntAct - an open source molecular interaction database. H. Hermjakob, L. Montecchi-Palazzi, C. Lewington, S. Mudali, S. Kerrien, S. Orchard, M. Vingron, B. Roechert, P. Roepstorff, A. Valencia, H. Margalit, J. Armstrong, A. Bairoch, G. Cesareni, D. Sherman, R. Apweiler. Nucl. Acids. Res. 2004 32: D452-D455.