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4.2 Locus view -遺伝子座アノテーションデータ表示画面

Locus viewでは、各HIX(H-Invitational cluster) に対するアノテーションデータをタブ/セクションに分類し数値データと画像イメージで提供しています。


Fig. 4.2.1 Locus view - 遺伝子座アノテーションデータ表示画面

Locus viewではプルダウンメニュー下記から形式を選択すると、テキスト形式でデータを表示及びダウンロードすることができます。

Locus viewは下記タブ・セクションにアノテーションデータを提供しています。

No. タブ名称 セクション名称
1Gene structureGene structure information
2FunctionGene function information
3Alternative splicingAlternative splicing (AS) information
4ExpressionGene expression information
5DiseaseDisease/pathology information
6MemberCluster member (s)

1)遺伝子座情報 (Gene structure information)ではゲノム地図、染色体番号、染色体上の位置、ゲノムのストランド、染色体バンドなどのHIXのヒトゲノム上でのマッピングに関するアノテーションデータを提供しています。

2)遺伝子機能情報(Gene function information)ではHIXの遺伝子機能に関するアノテーション情報、遺伝子名や遺伝子ファミリー情報および関連エビデンス等のアノテーションデータを提供しています。

3)選択的スプライシング変異体情報(Alternative splicing (AS) information)ではHIXに含まれるスプライシング変異体パターンやこの遺伝子座におけるクラスタリングの特徴についてのアノテーションデータを提供しています。

4)遺伝子座発現プロファイル (Gene expression information)では10の発現組織カテゴリーに分類されたiAFLP発現データ解析結果に基づき、HIXの遺伝子発現の組織特異性に関するアノテーションデータを提供しています。

5)疾患関連情報セクション(Disease/pathology information)では既知の遺伝性疾患関連遺伝子とHIXと同じゲノム領域にマップされた候補遺伝子が判明していない遺伝性疾患(co-localized orphan pathology)の2種類の疾患関連情報に対する疾患名およびOMIM IDを提供しています。

6)遺伝子座構成メンバー情報セクション(Locus member (s) section)ではHIXを構成するHITメンバーのマッピング情報とHITの遺伝子機能に関するアノテーション概要を提供しています。

更新日:2007年9月5日