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4.4 G-integra -ゲノム統合データベース

ゲノム統合データベースG-integraはヒト、チンパンジー、マウスおよびラットなどのゲノム物理地図を閲覧することが可能です。G-integraの主な機能を下に示します。

  1. 当該霊長類、げっ歯類などの遺伝子の染色体上の位置、エキソン-イントロン構造およびタンパク質コード領域をグラフィカルに表示します。
  2. 各遺伝子とESTのマッピング、異種間マッピング、遺伝子予測との位置の比較を行うことが可能です。
  3. ゲノムアノテーションの結果を閲覧できます。例えば、ゲノム上のリピート配列は"sequence viewer"で表示できます。またゲノムを構成するコンティグのアクセッション・ナンバー(およびDDBJへのハイパーリンク)はポップアップで表示します。
  4. ゲノム上の各表示項目のポップアップ・メニューはマウスを近づけると表示されます。このポップアップ・メニューはマッピング結果(%IDおよび%Cov)など詳細な情報を表示します。さらにH-InvDBへの内部リンクおよび他Webサイト(DDBJなど)への外部リンクを提供します。
  5. "Alignment viewer" はcDNA(mRNAs , transcripts)とゲノム配列のアラインメントを表示します。この画面へのリンクはポップアップ・メニューに表示されます
  6. 遺伝子座や転写物IDによるID検索が利用できます。

G-integraへのアクセス

URL : http://h-invitational.jp/hinv/g-integra/

H-InvDBからG-integraへの入口は4ヶ所あります。


Fig. 4.4.1 G-integraへの4つの入口
  1. 染色体マップ
  2. cDNA/Locus viewの共通フレームのG-integraアイコン
  3. G-integraのアイコン。このアイコンはH-InvDBの様々な場所に設置されています。
  4. ミニ・G-integra (Locus view)。クリックするとG-integraへジャンプします。

    G-integra のアイコンg_inte_button.gif

G-integraの主要な表示項目と機能


Fig.4.4.2 G-integraのサマリー画面.

1. G-integraのトップ・ページ
2. 各染色体のポップアップ。表示したい染色体をクリックしてください。
3. 検索語を入力するテキストボックス(ACC#, Locus, transcript ID)
4. 検索の実行
5. G-integraトップページへのリンク
6. ヘルプページやBLAST検索ページ等へのリンク
7. メインページの1目盛りあたりの表示塩基長を選択できるプルダウンメニュー。値を選択した後、「submit!」ボタンを押してください。ここで選択できる数値はzoom in/outボタンでも選択できます。
8. 現在の表示画面における先頭の塩基座標
9. 表示トラック選択のためのチェックボックス。対応するチェックボックスを選択した後、「submit!」ボタンを押してください。異種間マッピング結果などが表示されます。
10. ここで定義される領域は「Sequence Viewer」で表示される領域です。「Sequence Viewer」の詳細は20をご参照ください。
11. Zoom in/outボタン
12. 凡例のリスト。Gene map (メイン画面)上の各シンボルの説明は下記のとおりです。



JBIRCの遺伝子のトラック(ヒトおよび他生物)では、エキソンの配色は転写物のデータソースを示します。
(淡い緑色): H-Inv full-length cDNA
(濃い緑色): Other mRNA
(青): RefSeq
(オレンジ): Ensembl

13. 初期設定でメイン画面は遺伝子構造などを表示します。
14. 遺伝子構造を表示するメインパネル。クラスタメンバーが多すぎる場合はそのトラックで表示している段の数を200段に制限して一部のメンバーの表示を省略しています。しかし、代表配列とG-integraの検索システムでヒットした転写物は省略しません。
15. ゲノムを構成するコンティグ配列。カーソルを近づけるとDDBJへのリンクが表示されます。
16. リピート配列 (詳細は20を参照してください。)
17. SNPs の表示
18. ESTサポートの頻度を表示するサマリー画面。「EST(sum)」のチェックボックスを選択し、最大限のズームインを行うと、ESTサポートのサマリー画面では下記のようなグラフを表示します。
 ESTサポートのグラフ:

グラフの色の濃さと高さはともにその領域にマップされたESTの本数に対応します。頻度レベルはESTの本数に応じ5つの段階が定義されています。 1本のESTがマップされた領域はレベル1、2本はレベル2、3本または4本はレベル3、5〜9本はレベル4、10本以上はレベル5です。例えば、ある領域に10本のESTがマップされている場合は、最も高いグラフが表示されます。

19. 染色体マップ。細い赤線(または四角)は現在表示している領域の位置を示します。染色体の画像をクリックするとクリックした位置にジャンプします。
20. 「Sequence viewer」はゲノム配列とその配列に検出されたリピート領域およびリピートの種類を表示します。「Sequence viewer」で表示される領域は11で示した領域で定義されます。
21. 代表配列のポップアップメニューには下記の情報が提供されます。

  1. クラスターID (HIX)
  2. 転写物ID (HIT), ACC#
  3. Representative cDNAs
  4. Definition
  5. ゲノム上のマップ領域(アラインされた領域の長さ).
  6. 転写物上のマップ領域(アラインされた領域の長さ/転写物全長).
  7. エキソン数
  8. 転写物-ゲノムのアラインメントの%ID(塩基一致率)
  9. 各エキソンの塩基一致率(%ID)
  10. 配列被覆率 (%Cov)
  11. H-InvDB Transcript viewへのリンク
  12. H-InvDB Locus viewへのリンク
  13. DDBJまたはRefSeq, Ensemblへのリンク
  14. H-ANGELへのリンク
  15. H-GOLDへのリンク
  16. 「cDNA-genome pairwise alignment」画面へのリンク
  17. 「cDNA-genome multiple alignment」画面へのリンク
  18. Evolaへのリンク
  19. 各生物のオルソログ候補とそのACC#およびゲノムマップへのリンク
22. 非代表配列の転写物のポップアップメニューは下記の情報を含みます。
  1. クラスターID (HIX)
  2. 転写物ID (HIT), ACC#
  3. ゲノム上のマップ領域(アラインされた領域の長さ).
  4. 転写物上のマップ領域(アラインされた領域の長さ/転写物全長).
  5. エキソン数
  6. 転写物-ゲノムのアラインメントの%ID
  7. 各エキソンの%ID
  8. %Cov
  9. H-InvDB cDNA viewへのリンク
  10. H-InvDB Locus viewへのリンク
  11. DDBJまたはRefSeq, Ensemblへのリンク
  12. 「cDNA-genome pairwise alignment」画面へのリンク
  13. 「cDNA-genome multiple alignment」画面へのリンク
23. cDNA-genome pairwise alignment画面へのリンク。この画面の詳細については4.4.2を参照して下さい。
24. cDNA-genome multiple alignment画面へのリンク。この画面の詳細については4.4.3を参照して下さい。

予測遺伝子トラック「JIGSAW」について:
NCBI build 36.1のゲノム配列の、1番から22番の染色体、およびX染色体についてゲノム配列から遺伝子を予測しました。ただし、Y染色体、ミトコンドリアゲノム、ランダム配列(chr*_random)については予測を行っていません。H-InvDBにおいて提供する遺伝子予測は、日本のゲノムネットワークプロジェクト(http://www.mext-life.jp/genome/index.html)の成果であるCap Analysis Gene Expression (CAGE) tag (http://genomenetwork.nig.ac.jp/public/contents/description.html)を利用しています。CAGE tagがマップされたゲノム上の位置は転写開始点を示しています。そこでH-Invプロジェクトでは、CAGE tagマップ位置の下流領域から(タンパク質をコードしていると思われる)遺伝子を予測しました。精度を向上させるために単体の予測プログラムでの予測結果を統合しています。各領域で3つの単体予測プログラムであるFGENESH, GENSCAN, HMMgeneで遺伝子予測を実行し、さらにそれらの予測結果を統合プログラムJIGSAWで統合した結果を示しています。

4.4.2 cDNA-genome pairwise alignment画面

各転写物とゲノムのペアワイズアラインメントの詳細をFig4.4.3に示します。


Fig. 4.4.3 cDNAとゲノム配列のペアワイズアラインメントのサンプル

4.4.3 cDNA-genome multiple alignment

遺伝子クラスタメンバーとゲノムのマルチプルアラインメントを表示します。詳細はFig. 4.4.4をご覧下さい。クラスタメンバーが150を超えた場合は、この画面は表示することができません。


Fig. 4.4.4 cDNAとゲノム配列のマルチプルアラインメントのサンプル
更新日:2007年12月26日