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3.5 PANDA-mini

PANDA-miniについて

PANDA-miniとは?
PANDA-mini (Priority ANalysis using DAta-mining)は、クエリとして選択した遺伝子に対して、機能類似性に基づいて全遺伝子をランキングするシステムです。

PANDA-miniのランキング方法
PANDA-miniのランキング方法は、H-InvDBに格納されている7種類の機能アノテーション情報 [paralog gene analysis、 InterPro、EC number、KEGG pathway、GO molecular function、GO biological process、GO cellular localization]を使用しています。各アノテーションカテゴリーにおいて、クエリ遺伝子と同じアノテーション情報を有する遺伝子を1点とし、上記7つのアノテーションカテゴリーでの合計をランキングに用いています(最高点=7)。

なぜPANDA-miniを開発したか?
私たちは、疾患遺伝子候補探索システム、PANDA (Priority ANalysis for Disease Association) を構築しました(PNAS 2008)。PANDAシステムは、多因子性疾患の新規疾患関連遺伝子を予測するために、既知疾患遺伝子を学習セットとして選択する必要があります。疾患研究者と共同研究を進めるなかで、ユーザーがWeb上で自由に学習セットを選択し、結果を比較したいという要望を聞きました。PANDAシステムに用いているランキング方法は複雑で、計算に1週間かかりますが、この要望に答えるため計算方法を簡素化し、PANDAシステムの簡易版として、PANDA-miniを開発しました。

PANDA-miniの使い方

トップページ
Step 1 遺伝子ID (HIT ID)を入力(最大100遺伝子)
Step 2 [Search]をクリック
   "correct"はクエリの形式をチェックするものです(HIT+9桁の数字)。

Step 3結果を見る(赤字はクエリ遺伝子)

更新日:2008年1月30日