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1.0 H-InvDBデータベースとは

1.0.1 H-Invitational database

H-InvDBは転写産物アノテーションデータ表示画面(Transcript view)、遺伝子座アノテーションデータ表示画面(Locus view)およびタンパク質アノテーションデータ表示画面(Protein view)の3つのメイン画面と、G-integra、H-ANGEL、DiseaseInfo Viewer、Evola、PPI viewおよびGene Family/Group viewという6つのサブデータベース・データ表示画面から構成されています。

1.0.2 H-InvDBのID

H-InvDBのアノテーションは転写産物(cDNA, mRNAなど)、遺伝子座およびタンパク質に対して付与されており、それぞれに独自のIDを定義しています。また、ユニークなタンパク質および遺伝子ファミリー・グループを定義しIDを付与しました。

HIT (H-Invitational transcript):

形式:HIT + 9桁の数字 + version番号 例)HIT000000001.1

転写産物(cDNA, mRNAなど)配列のアノテーション情報をデータベース化し、H-Invitational transcripts(HIT)ナンバーというIDを付与しました。

*1) eHIT遺伝子モデルの場合、先頭に”e”を付与しています。(2.0.3 参照)
形式:eHIT + 9桁の数字 + version番号 例)eHIT000000001.1

*2) pHIT遺伝子モデルの場合、先頭に”p”を付与しています。(2.0.4 参照)
形式:pHIT + 9桁の数字 + version番号 例)pHIT000000001.1

*3) 転写産物がゲノム上の複数箇所に同一条件でマップされる場合、HIT IDに枝番を付与しています。 形式:HIT + 9桁の数字 + version番号 + 枝番 例)HIT000000001_01.1

HIX (H-Invitational cluster):

形式:HIX + 7桁の数字 + version番号 例)HIX0000001.1

ヒトゲノム上の重複を除く遺伝子クラスター遺伝子クラスターをH-Invitational cluster(HIX)と定義し各遺伝子座単位にIDを付与しました。

HIP (H-Invitational protein):

形式:HIP + 9桁の数字 + version番号 例)HIP000000001.1


転写産物配列の予測CDSアノテーション情報をデータベース化し、ユニークなアミノ酸配列に対しH-Invitational protein(HIP)ナンバーというIDを付与しました。

HIF (H-Invitational gene family/group):

形式:HIF + 7桁の数字 例)HIX0000001


マニュアルキュレーションまたは配列相同性と機能性モチーフにより複数の遺伝子座で構成される遺伝子のグループ、ヒト遺伝子ファミリー・グループをH-Invitational gene family/group(HIF)と定義し各遺伝子ファミリー・グループ単位にIDを付与しました。

1.0.3 H-InvDB画面構成

H-InvDBは転写産物アノテーションデータ表示画面(Transcript view)、遺伝子座アノテーションデータ表示画面(Locus view)およびタンパク質アノテーションデータ表示画面(Protein view)の3つのメイン画面と、G-integra、H-ANGEL、DiseaseInfo Viewer、Evola、PPI viewおよびGene Family/Group viewという6つのサブデータベース・データ表示画面から構成されています。


Fig 1.0.3 H-InvDB画面構成

Transcript view (転写産物アノテーションデータ表示画面) 

Transcript view(旧:cDNA viewまたはmRNA view)では、各HIT(H-Invitational transcript)に対する遺伝子機能、CDS予測、ジーンオントロジー(GO)、多型、分子進化解析等のアノテーションデータを表示しています。

Locus view (遺伝子座アノテーションデータ表示画面)

Locus viewでは、各HIX(H-Invitational cluster)に対するゲノム上位置、遺伝子構造、スプライシング変異体、遺伝子発現プロファイル、疾患との関連等のアノテーションデータを表示しています。

Transcript view (転写産物アノテーションデータ表示画面) 

Protein viewでは、各HIP(H-Invitational protein)に対する機能、翻訳後修飾(PTM)、機能性モチーフ予測、細胞内局在予測、立体構造予測(GTOP)等のアノテーションデータを表示しています。

G-integra

G-integra(genome integrated database)は、ヒト、マウス、チンパンジー、ラットのゲノム地図と遺伝子構造をブラウザ上で表示することができるゲノム情報統合データベースです。HITのヒトゲノム上の位置と遺伝子構造および対応するRefSeqとEnsembl遺伝子の構造が表示されます。

H-ANGEL

H-ANGEL(Human ANatomic Gene Expression Library)はヒト遺伝子の発現プロファイルデータベースです。7つのプラットフォーム、3種の実験手法から得られた、ヒト成人健常人の組織の遺伝子発現データを収集、10および40の組織・細胞カテゴリーに分類し、各HIXの発現情報プロファイルを提供しています。

DiseaseInfo Viewer

DiseaseInfo Viewerは、既知疾患遺伝子と同じ遺伝子座に局在する機能未知の遺伝子についての情報を提供するデータベースです。

Evola

ヒトとマウスやラットなどのモデル生物とのオルソログ情報を格納する分子進化データベースです。オルソログ配列にUniProtなどから得られた全生物の相同な配列を加えて作成したアラインメントと系統樹を提供しています。

PPI view

PPI Viewは、ヒトのタンパク質間相互作用 (PPI: Protein-Protein Interaction) 情報のデータベースです。

Gene Family/Group

「H-InvDB遺伝子ファミリー/グループ」はヒトの既知遺伝子ファミリーに属する遺伝子を対象に詳細なアノテーションを行った結果を公開しています。

1.0.4 H-InvDBチュートリアル

H-InvDBの活用方法などを紹介する資料を提供しています。どうぞご活用下さい。 "H-InvDB_tutorial.ppt"

    >>>H-InvDB entry points to annotated data
    >>>H-InvDB application#1
         *"If you look for gene of certain feature"
    >>>H-InvDB application#2
         *"If you have special interests in certain location in human genome"
    >>>H-InvDB application#3
         *"If you sequenced a new gene"
    >>>H-InvDB annotation data download
    >>>Documentation
    >>>Contact to H-InvDB
更新日:2010年02月16日