bases per tick :
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1000
500
200
100
50
20
10
5
2
kb first site :
homology :
P.troglodytes
H.sapiens
sequence viewer :
( start, end )
( middle, total length )
= (
,
)
XM_524026
genome : 996,418 - 1,004,753 (8,336)
query : 1 - 1,968 (1,968/1,968)
14 exons
identity = 0.997
5'(0.989;1.000;1.000;1.000;1.000;1.000;1.000;
1.000;1.000;1.000;1.000;1.000;0.957;1.000)3'
coverage = 1.000
RefSeq
cDNA-genome Alignment
cDNA Multiple Alignment
ENSPTRT00000018691
Representative transcript
genome : 997,684 - 1,021,273 (23,590)
query : 1 - 5,385 (5,385/5,385)
40 exons
identity = 0.998
5'(1.000;1.000;1.000;1.000;1.000;1.000;1.000;
1.000;1.000;1.000;0.996;1.000;1.000;1.000;
1.000;1.000;0.990;1.000;1.000;1.000;0.938;
0.990;1.000;1.000;1.000;1.000;1.000;1.000;
1.000;1.000;1.000;1.000;1.000;1.000;1.000;
1.000;1.000;1.000;1.000;1.000)3'
coverage = 1.000
Ensembl
cDNA-genome Alignment
cDNA Multiple Alignment
Ortholog candidate
H.sapiens
(Human) : HIT000059719
Pongo
sp. (Orangutan) : ENSPPYT00000010853
Macaca
sp. (Macaque) : ENSMMUT00000021458
Mus
sp. (Mouse) : AF287141
Rattus
sp. (Rat) : AB097814
Canis
sp. (Dog) : ENSCAFT00000031202
Bos
sp. (Cow) : ENSBTAT00000020083
Monodelphis
sp. (Opossum) : ENSMODT00000007062
Gallus
sp. (Chicken) : XM_001233947
Danio
sp. (Zebrafish) : XM_001920827
Danio
sp. (Zebrafish) : XM_682212
Oryzias
sp. (Medaka) : ENSORLT00000010266
Tetraodon
sp. (Tetraodon) : GSTENT00012070001
Tetraodon
sp. (Tetraodon) : GSTENT00012848001
Takifugu
sp. (Fugu) : SINFRUT00000157760
XM_512226
genome : 1,006,209 - 1,021,274 (15,066)
query : 1 - 3,725 (3,725/3,725)
27 exons
identity = 1.000
5'(1.000;1.000;1.000;1.000;1.000;1.000;1.000;
1.000;1.000;1.000;1.000;1.000;1.000;1.000;
1.000;1.000;1.000;1.000;1.000;1.000;1.000;
1.000;1.000;1.000;1.000;1.000;1.000)3'
coverage = 1.000
RefSeq
cDNA-genome Alignment
cDNA Multiple Alignment
XR_023774
Representative transcript
genome : 1,022,869 - 1,043,703 (20,835)
query : 1 - 4,952 (4,952/4,952)
24 exons
identity = 1.000
5'(1.000;1.000)3'
coverage = 1.000
RefSeq
cDNA-genome Alignment
cDNA Multiple Alignment
Ortholog candidate
H.sapiens
(Human) : HIT000042358
Pongo
sp. (Orangutan) : CR858815
Macaca
sp. (Macaque) : XM_001117237
Mus
sp. (Mouse) : AK159194
Rattus
sp. (Rat) : ENSRNOT00000060648
Canis
sp. (Dog) : XM_850090
Bos
sp. (Cow) : XM_590584
Monodelphis
sp. (Opossum) : ENSMODT00000006975
Gallus
sp. (Chicken) : ENSGALT00000023142
Danio
sp. (Zebrafish) : XM_001919343
Oryzias
sp. (Medaka) : ENSORLT00000019269
Tetraodon
sp. (Tetraodon) : GSTENT00024702001
Takifugu
sp. (Fugu) : SINFRUT00000130410
ENSPTRT00000018693
genome : 1,023,124 - 1,042,972 (19,849)
query : 1 - 3,479 (3,479/3,479)
20 exons
identity = 0.998
5'(1.000;1.000)3'
coverage = 1.000
Ensembl
cDNA-genome Alignment
cDNA Multiple Alignment
HIT000022198
(
AK097344
)
genome : 1,012,787 - 1,021,273 (8,487)
query : 1 - 1,879 (1,879/1,879)
14 exons
identity = 0.987
5'(1.000;0.991;0.978;0.992;1.000;0.975;0.984;
0.981;0.993;0.993;0.981;0.989;0.992;0.977)3'
coverage = 1.000
H-InvDB(Advanced Search)
H-InvDB(Topic Annotation)
DDBJ
cDNA-genome Alignment
cDNA Multiple Alignment
Evola CSM: cross-species mapping view
Contig654.1
989478-989719 W -
2413
989720-992132 N
Contig6213.1
992133-992661 W +
2209
992662-994870 N
Contig6213.2
994871-1001796 W +
1422
1001797-1003218 N
Contig6213.3
1003219-1005091 W +
702
1005092-1005793 N
Contig677.107
1005794-1006783 W -
1447
1006784-1008230 N
Contig677.106
1008231-1010413 W -
78
1010414-1010491 N
Contig677.105
1010492-1023455 W -
725
1023456-1024180 N
Contig677.104
1024181-1029477 W -