H-InvDB x AHG DB
BLAST
H-InvDB_9.0 released on May 27, 2015.
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プログラムと検索するデータベースを選んで下さい:

  • プログラム:
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    塩基配列データベース
    H-InvDB 全転写産物(HIT) 塩基配列
    H-InvDB 代表配列(HIT) の塩基配列
    H-InvDB 全遺伝子座(HIX) のゲノム塩基配列
    H-Inv2完全長cDNAの塩基配列

    アミノ酸配列データベース
    H-InvDB全タンパク質(HIP) のアミノ酸配列
    H-InvDB代表配列タンパク質(HIP)のアミノ酸配列
    H-Inv2完全長cDNAデータセットのタンパク質のアミノ酸配列

    FASTA 形式での配列の入力

    ディスクからの読みこみ


    デフォルトでは フィルター がONになっており、相同性を判断するのにあまり意味がない配列は無効化されます。
  • フィルター 低複雑配列のマスク "lookup table" 作成時のみ

  • 期待値   
  • アミノ酸置換テーブル
  • ギャップ無しの計算

  • コドン表
  • フレームシフトペナルティ

    その他のオプション:     


  • アラインメント結果のグラフィカル表示   
  • アラインメント表示方法
  • 簡易結果の表示件数   
  • アラインメントの表示件数
  • 色彩のスキーマ