H-InvDB_9.0 released on May 27, 2015.
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H-Inv ID (HIT)
H-Inv cluster ID (HIX)
H-Inv protein ID (HIP)
H-Inv gene family/group (HIF)
Accession number
Chromosome number
Chromosome band
Definition*
Data source ID
---
CCDS ID
dbSNP ID (rs number)
EC number
Ensembl ID
EntrezGene ID
FR ID
FR Accession number
GO ID
GO name*
HGNC gene symbol
HGNC gene name*
InterPro ID
InterPro name*
OMIM ID
OMIM title*
Pathway ID
Pathway name*
RefSeq (gene) ID
RefSeq (protein) ID
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プログラム:
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tblastx
データベース:
塩基配列データベース
H-InvDB 全転写産物(HIT) 塩基配列
H-InvDB 代表配列(HIT) の塩基配列
H-InvDB 全遺伝子座(HIX) のゲノム塩基配列
H-Inv2完全長cDNAの塩基配列
アミノ酸配列データベース
H-InvDB全タンパク質(HIP) のアミノ酸配列
H-InvDB代表配列タンパク質(HIP)のアミノ酸配列
H-Inv2完全長cDNAデータセットのタンパク質のアミノ酸配列
FASTA
形式での配列の入力
ディスクからの読みこみ
デフォルトでは
フィルター
がONになっており、相同性を判断するのにあまり意味がない配列は無効化されます。
フィルター
低複雑配列のマスク
"lookup table" 作成時のみ
期待値
0.0001
0.01
1
10
100
1000
アミノ酸置換テーブル
PAM30
PAM70
BLOSUM80
BLOSUM62
BLOSUM45
ギャップ無しの計算
コドン表
Standard (1)
Vertebrate Mitochondrial (2)
Yeast Mitochondrial (3)
Mold Mitochondrial; ... (4)
Invertebrate Mitochondrial (5)
Ciliate Nuclear; ... (6)
Echinoderm Mitochondrial (9)
Euplotid Nuclear (10)
Bacterial (11)
Alternative Yeast Nuclear (12)
Ascidian Mitochondrial (13)
Flatworm Mitochondrial (14)
Blepharisma Macronuclear (15)
フレームシフトペナルティ
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
25
30
50
1000
No OOF
その他のオプション:
アラインメント結果のグラフィカル表示
アラインメント表示方法
Pairwise
master-slave with identities
master-slave without identities
flat master-slave with identities
flat master-slave without identities
BLAST XML
Hit Table
簡易結果の表示件数
0
10
50
100
250
500
アラインメントの表示件数
0
10
50
100
250
500
色彩のスキーマ
No color schema
Color schema 1
Color schema 2
Color schema 3
Color schema 4
Color schema 5
Color schema 6
H-InvDB_9.0 released on May 27, 2015.
