不完全転写物の判定法

ゲノム上の同一ローカス内において、5'末端が他の転写物の2番目以降のエクソン内に位置する転写物を、AS判定を行う前に取り除いた。ただし、最初のエクソン内に位置するものは、転写開始点のバリアントとみなして不完全転写物とはしなかった。同様にして3'末端でも不完全転写物判定を行った。なお、最後のエクソン内に位置するものは、選択的ポリアデニレーションとみなして不完全転写物とはしなかった(図1)。


図1 不完全転写物の判定法

参考文献:Kimura et al. (2006) Diversification of transcriptional modulation: Large-scale identification and characterization of putative alternative promoters of human genes. Genome Research 16, 55-65