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詳細検索

基本情報

  • データセット: 
  • ローカス/転写物情報: 

ゲノム構造

  • 染色体番号: 
  • ストランド:  + - 両方
  • ゲノム位置:  from to bp
  • スプライスサイト配列: 
  • レトロトランスポゾン:  LTR LINE SINE SINE(Alu のみ)

ASゲノム構造

  • RASVの数:  from to
  • ASロケーション:  5'末端  内部  3'末端 
  • ASパターン: 
    カセット型エクソン  (複数カセット型を含む)
    選択的3'スプライス 
    選択的5'スプライス 
    相互排他的エクソン 
    選択的保持イントロン 
    選択的第一エクソン 5'-end
    選択的最終エクソン 3'-end

タンパク機能アノテーション

  • ORF長:  from to aa
  • タンパク機能モチーフ: 
  • 遺伝子オントロジー(GO): 
  • 細胞内局在化シグナル: 
    WoLF PSORT TargetP
  • 膜タンパクドメイン:  TMHMM SOSUI
  • 異常なORF:  NMD(PTC)

ASタンパク機能アノテーション

  • RASVのアミノ酸長の差:  from to aa
  • ASリージョン:  5'UTR CDS 3'UTR
  • タンパク機能に影響を与えるAS: 
    タンパク機能モチーフ GO 細胞内局在化シグナル 膜タンパクドメイン
  • 複雑なASパターン:  ブリッジ ネスト 二重CDS

AS比較ゲノム解析

  • 比較生物種: 
  • RASVの保存度: 
    非保存 ゲノム保存 転写物保存
    同一スプライシングバリアント(ESV) 保存AS
どの組み合わせも可能。検索条件はANDのみ