Human (Full-length cDNA)
Human (mRNA)
Mouse (Full-length cDNA)
Mouse (mRNA)
Rat (RNA)
Chimpanzee (RNA)
Macaque (RNA)
Dog (RNA)
[ヘルプ
] [
English
]
トップ
ASの機構
データと解析方法
統計
ダウンロード
用語集
リンク
詳細検索
基本情報
データセット:
Human (Full-length cDNA)
Human (mRNA)
Mouse (Full-length cDNA)
Mouse (mRNA)
Rat (RNA)
Chimpanzee (RNA)
Macaque (RNA)
Dog (RNA)
ローカス/転写物情報:
Keyword
H-Inv CluSter (HIX)
H-Inv Transcript (HIT)
ACC/RefSeq/ENST ID
HUGO gene symbol
Entrez Gene ID
OMIM ID
EC NO
Definition
ゲノム構造
染色体番号:
All
ストランド:
+
-
両方
ゲノム位置: from
to
bp
スプライスサイト配列:
All
GT - AG
GC - AG
AT - AC
not GT - AG
NAGNAG
レトロトランスポゾン:
LTR
LINE
SINE
SINE(Alu のみ)
ASゲノム構造
RASVの数: from
to
ASロケーション:
5'末端
内部
3'末端
ASパターン:
カセット型エクソン
(複数カセット型を含む)
選択的3'スプライス
選択的5'スプライス
相互排他的エクソン
選択的保持イントロン
選択的第一エクソン 5'-end
選択的最終エクソン
3'-end
タンパク機能アノテーション
ORF長: from
to
aa
タンパク機能モチーフ:
InterPro ID
Definition
遺伝子オントロジー(GO):
GO ID
Definition
細胞内局在化シグナル:
WoLF PSORT
All
chlo: chloroplast
cyto: cytosol
cysk: cytoskeleton
E.R.: endoplasmic reticulum
extr: extracellular
golg: golgi apparatus
lyso: lysosome
mito: mitochondria
nucl: nuclear
pero: peroxisome
plas: plasma membrane
vacu: vacuolar membrane
TargetP
All
C: Chloroplast
M: Mitochondrion
S: Secretory pathway
_: Any other location
膜タンパクドメイン:
TMHMM
SOSUI
異常なORF:
NMD(PTC)
ASタンパク機能アノテーション
RASVのアミノ酸長の差: from
to
aa
ASリージョン:
5'UTR
CDS
3'UTR
タンパク機能に影響を与えるAS:
タンパク機能モチーフ
GO
細胞内局在化シグナル
膜タンパクドメイン
複雑なASパターン:
ブリッジ
ネスト
二重CDS
AS比較ゲノム解析
比較生物種:
RASVの保存度:
非保存
ゲノム保存
転写物保存
同一スプライシングバリアント(ESV)
保存AS
どの組み合わせも可能。検索条件はANDのみ
Reset